呼吸系统的病原菌很多，常见的是细菌、病毒及非典型致病菌。细菌通常会出现咳嗽、咳浓痰、发热等症状，其临床表现及相关检查也有所不同。血液常规显示白细胞、中性粒胞百分比升高，C反应蛋白和降钙素原均升高

病毒性感染通常是高热，主要是咳嗽，咳少量白痰，血常规显示白细胞减低或正常，中性粒细胞多减少，而淋巴细胞和单核细胞常升高，病毒抗体可明显升高，非典型致病菌主要是肝脏，头痛，恶心等，支原体抗体、衣原体抗体，四倍以上的升高是诊断的依据。

上呼吸道感染主要有上呼吸道感染和下呼吸道感染两种类型，如果是一种病毒性感染引起的。也许是鼻病毒。冠状病毒腺病毒和流感病毒罕见，均为细均匀感染。假如发生了下呼吸道感染，这种情况多是多次发生。需要考虑的因素有：溶血性链球菌、肺炎球菌、金葡萄球菌、流感嗜血杆菌。如果属于医院内感染，很有可能是因为革兰氏杆菌引起的感染。

有70%-80%的上呼吸道感染是由病毒引起的。其主要成分有鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒等。还有20%~30%是由细菌引起的。病菌可直接感染或继发于病毒感染后，溶血性链球菌比较常见，其次是流感嗜血杆菌、肺炎球菌、葡萄球菌等，偶或是革兰阴性细菌。

外部因素：

引起全身或呼吸道局部防御功能下降的各种原因，如受凉、淋雨、气候突变、过度疲劳等，都能使原来存在于上呼吸道的或由外界侵入的病毒或细菌迅速繁殖而引起本病。老年体弱者、免疫功能低下或慢性呼吸系统疾病患者易感。