呼吸道感染是较为粗略的概念，在临床诊断时应该明确具体的感染部位，如气管炎、支气管炎或合并下呼吸道感染。一般而言，如果呼吸道感染明确为细菌引起的，应该给予规范的抗细菌治疗。另外在临床当中，病毒感染引起的呼吸道感染也占有较大的比重，可以适当给予抗病毒治疗。同时在发生呼吸道感染时，可以给予针对性的治疗，如止咳、平喘以及化痰治疗，通过综合的药物治疗，渴望能够较快的控制呼吸道感染的临床症状。
如果患者出现了咳嗽，咳痰，发热，咽痛等呼吸道感染的症状，需要进一步的完善相关检查，已确定的致病菌，根据不同的致病菌使用不同的药物治疗。如果患者是由于病毒感染导致的，常见的检查，常提示为血常规，白细胞下降，单核细胞和淋巴细胞率升高，病毒抗体可以是阳性的。
确诊病毒感染后，需要抗病毒治疗，包括清开灵，蒲地兰等药治疗。至于对症治疗，有发热的患者与清热解痛治疗，常见的扑热息痛等药物。如果患者出现了咳脓痰还伴有高热咽痛，血常规提示白细胞的升高，C反应蛋白和PCT明显的升高，常提示细菌感染，需要抗生素的治疗，包括了青霉素v钾片，头孢克肟，左氧氟沙星等。如果患者以刺激性干咳为主，支原体，衣原体，军团菌抗体有四倍以上的升高，考虑为非典型致病菌感染。使用抗非典型致病因的药物常用的药物有大环内酯类，阿奇霉素，罗红霉素或者左氧氟沙星等。