呼吸道感染致病菌很多，临床上常见的有细菌，病毒和非典型致病菌。不同的致病菌的临床表现和相关检查也是不同的，细菌常出现咳嗽，咳浓痰，发热等症状。血常规常提示白细胞，中性粒细胞，中性粒胞百分比升高，C反应蛋白，降钙素原同样升高。
病毒感染常以高热为主，咳嗽，咳少许的白痰，血常规提示白细胞减低或正常，中性粒细胞多降低，而淋巴细胞和单核细胞常升高，病毒抗体可明显出现升高，非典型致病菌以肝为主，可伴有头痛，恶心等症状，支原体的抗体，衣原体抗体，有四倍以上的升高为确诊的一个依据。
呼吸道感染分上呼吸道感染和下呼吸道感染，如果是上呼吸道感染，这种情况主要是病毒性的感染造成的。可能是鼻病毒。冠状病毒。腺病毒以及流感病毒的少见，细均性的感染。如果是下呼吸道感染，大多数次属于细均性的感染。可能是溶血性链球菌或者肺炎球菌以及金葡萄球菌或者流感嗜血杆菌。如是院内感染的情况，很可能是革兰氏杆菌造成的感染现象。
上呼吸道感染有70%～80%由病毒引起。包括鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流感和副流感病毒、呼吸道合胞病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒等。另有20%～30%的上感由细菌引起。细菌感染可直接感染或继发于病毒感染之后，以溶血性链球菌为比较常见，其次为流感嗜血杆菌、肺炎球菌、葡萄球菌等，偶或为革兰阴性细菌。
外界因素：
各种导致全身或呼吸道局部防御功能降低的原因，如受凉、淋雨、气候突变、过度疲劳等可使原已存在于上呼吸道的或从外界侵入的病毒或细菌迅速繁殖，从而诱发本病。老幼体弱，免疫功能低下或患有慢性呼吸道疾病的患者易感。